Flex のコマンドラインコンパイラのインターフェイスはシンプルです。UNIX ではシェルスクリプトを使用します。Windows では実行ファイルを使用します。これらのファイルは、bin ディレクトリにあります。また、このコンパイラは Java で呼び出すこともできます。これにより、コンパイラを Java ベースのプロジェクト（Ant など）またはその他のユーティリティに統合できます。

コマンドラインコンパイラ用のシェルスクリプトと実行ファイルは、mxmlc.jar および compc.jar JAR ファイルに対する呼び出しをラップします。Java でコンパイラを呼び出す場合は、JAR ファイルを直接呼び出します。Flex SDK の場合、JAR ファイルは、flex_install_dir/lib ディレクトリにあります。Flex Builder の場合は、flex_builder_install_dir/sdks/sdk_version/lib にあります。

JAR ファイルでコマンドを呼び出すには、コマンドラインから、java コマンドを jar オプションを指定して使用し、実行する JAR ファイルを指定します。+flexlib オプションの値を指定する必要もあります。この高度なオプションを使用してルートディレクトリを設定できますが、このルートディレクトリは、他のファイルの中から flex-config.xml ファイルを検出するためにコンパイラによって使用されます。通常は、frameworks ディレクトリを指定します。このディレクトリから、コンパイラは他の設定ファイルの場所を検出できます。

次の例では、JAR ファイルを使用して MyApp.mxml を SWF ファイルにコンパイルし、mxmlc コンパイラを呼び出します。

java -jar ../lib/mxmlc.jar +flexlib c:/flex_3_sdk/frameworks c:/flex3/MyApp.mxml

次に、コマンドラインコンパイラを開く場合と同様に、他のすべてのオプションを渡します。次の例では、MyApp のコンパイル時にロケールとソースパスを設定します。

java -jar ../lib/mxmlc.jar +flexlib c:/flex_3_sdk/frameworks -locale en_US -source-path locale/{locale} c:/flex3/MyApp.mxml