Las capas ayudan a organizar las ilustraciones de los documentos. Los objetos de una capa pueden dibujarse y editarse sin que afecten a objetos de otras capas. En las zonas del escenario en las que no hay nada en una capa, pueden verse a través de ella las capas situadas debajo.

Para dibujar, pintar o modificar una capa o una carpeta, primero se debe seleccionar en la línea de tiempo para activarla. Un icono con forma de lápiz junto a una capa o carpeta de la línea de tiempo indica que la capa o carpeta está activa. Sólo puede haber una capa activa en cada momento (aunque se pueda seleccionar más de una capa a la vez).

Cuando se crea un documento de Flash, contiene una sola capa. Para organizar las ilustraciones, animaciones y los demás elementos del documento, añada más capas. Asimismo, es posible ocultar, bloquear o reordenar capas. El número de capas que pueden crearse sólo está limitado por la memoria del equipo. Las capas no aumentan el tamaño del archivo SWF publicado. Sólo los objetos que se ubican en las capas aumentan el tamaño del archivo.

Para organizar y gestionar las capas, cree carpetas y coloque en ellas las capas. Las carpetas de capas se pueden expandir o contraer en la línea de tiempo sin que ello afecte a lo que se muestra en el escenario. Utilice capas o carpetas distintas para los archivos de sonido, ActionScript, etiquetas de fotogramas y comentarios de fotogramas. De este modo encontrará estos elementos con mayor facilidad cuando tenga que editarlos.

Para crear efectos sofisticados, el uso de capas de guía especiales facilita el dibujo y la edición. También se pueden utilizar capas de máscaras.